Für die Instandhaltung kommt in den Abend- und Nachtstunden ein Fräszug im Abschnitt Garching-Forschungszentrum – Münchner Freiheit zum Einsatz. Täglich von zirka 22.30 Uhr bis Betriebsschluss kann die U6 in diesem Abschnitt nur alle 20 Minuten fahren.

Im Abschnitt Freimann – Studentenstadt – Alte Heide – Nordfriedhof – Dietlindenstraße kann in dieser Zeit nur ein Gleis genutzt werden. Die Züge fahren deshalb in alle Richtungen vom selben Gleis ab. Am Kieferngarten wechseln die Abfahrtsgleise im Verlauf der Woche.

In der Nacht Montag/Dienstag, 14./15. Oktober, finden aufgrund eines Fußballspiels in der Allianz Arena keine Fräszugarbeiten statt.