Auf zwei Linien fährt der Münchner BergBus seit Mitte Mai samstags und sonntags auf jeweils zwei Fahrten von München aus zu beliebten Ausflugs- und Wanderzielen, die ansonsten mit dem ÖPNV nur schwer erreichbar sind:

• Der „BergBus 996" verkehrt nach Pfronten im Ostallgäu und weiter zur Wieskirche im Landkreis Weilheim-Schongau.
• Der „BergBus 396" fährt in Richtung Bayrischzell, Leitzachtal / Ursprungpass (Landkreis Miesbach) und weiter nach Thiersee in Tirol.

Neben den MVV-Tickets ist auch das Deutschlandticket auf beiden Linien gültig. Da der Münchner BergBus als allgemeiner Linienverkehr verkehrt, müssen keine Sitzplätze vor der Fahrt gebucht werden. Aufgrund der begrenzten Kapazität im Bus wird jedoch empfohlen, im Vorhinein einen Platz zu reservieren (siehe Link in der gelben Infobox).

In den vergangenen Jahren wurde der Bus in die Berge durch den Alpenverein München & Oberland organisiert, seit diesem Jahr übernimmt die Landeshauptstadt München die Aufgabenträgerschaft. Zusammen mit dem MVV, dem Mobilitätsreferat der Landeshauptstadt München, dem Alpenverein München & Oberland und den Landkreisen Miesbach und Ostallgäu wurde ein neues Konzept für den Münchner BergBus auf die Beine gestellt.