Durch die Sperrung kommt es zu Änderungen bei allen Linien.

• Die S1 verkehrt zwischen Freising / Flughafen und Moosach regulär. Zwischen Moosach und Hbf fährt sie ohne Zwischenhalt und nur im Halbstundentakt.
• Die S2 und S4 West beginnen beziehungweise enden an der Hackerbrücke und halten in der Stammstrecke regulär von Laim bis Hackerbrücke.
• Die S3 West beginnt beziehungweise endet in Pasing.
• Die S6 West beginnt beziehungweise endet am Hauptbahnhof und hält nicht zwischen Pasing und Hauptbahnhof.
• Die S7 beginnt beziehungweise endet am Hauptbahnhof ohne Halt an der Hackerbrücke.
• Die S2, S3, S4, S6 und S7 Ost beginnen beziehungweise enden am Ostbahnhof.
• Die S8 wird in beiden Richtungen über den Südring umgeleitet und hält nicht zwischen Ostbahnhof und Pasing sowie am Leuchtenbergring.

Zwischen Ostbahnhof und Donnersbergerbrücke besteht Schienenersatzverkehr mit Bussen. Ab 0 Uhr wird dieser jeweils bis Pasing verlängert.